|
週次 |
日期 |
單元主題 |
|
第1週 |
9/17 |
課程介紹 ＆ Marker development and SNP genotyping technology (董致韡) |
|
第2週 |
9/24 |
KASP SNP genotyping hands-on experiment & Introduction of NGS-based genotyping system (董致韡) |
|
第3週 |
10/01 |
中秋節放假 |
|
第4週 |
10/08 |
簡單重複序列 (SSR) 基因型定型分析實驗（胡凱康） |
|
第5週 |
10/15 |
Dealing with NGS data (Linux OS commends, SRA data retrieve) (陳凱儀) |
|
第6週 |
10/22 |
Aligning reads to reference sequences (Bowtie2) (陳凱儀) |
|
第7週 |
10/29 |
GATK best practice workflow (胡凱康) |
|
第8週 |
11/05 |
R/ variant annotation -- VCF format (胡凱康) |
|
第9週 |
11/12 |
Genotyping quality control by soft filtering (胡凱康) |
|
第10週 |
11/19 |
Genome-wide Association Study I (董致韡) |
|
第11週 |
11/26 |
Genome-wide Association Study II (董致韡) |
|
第12週 |
12/03 |
Algorithms for DNA sequencing (陳凱儀) |
|
第13週 |
12/10 |
Genetic map construction (R/qtl) (黃永芬) |
|
第14週 |
12/17 |
De novo read assembly & SNP calling from RADseq data (Stacks 軟件使用) (陳凱儀) |
|
第15週 |
12/24 |
Bi-parental crossed population I (R/qtl) (黃永芬) |
|
第16週 |
12/31 |
Bi-parental crossed population II (R/qtl) (黃永芬) |
|
第17週 |
1/07 |
Bi-parental crossed population III (R/qtl) (黃永芬) |